Nei pressi della sua umile dimora, iniziò i lavori per la costruzione del convento e della chiesa. Quando pose la prima pietra il santo disse:<<Fratelli,le locuste hanno mai danneggiato le vostre vigne,i vostri oliveti, i vostri seminati? Ebbene il giorno in cui verrà meno questa pietra il vostro paese sarà vittima di questo>>. Gettò la pietra nella buca e la cerimonia ebbe fine. Con quella frase, Francesco aveva predetto ai coriglianesi quello che poi sarebbe accaduto 138 anni più tardi. Molti anni più tardi, infatti, il Santuario di San Francesco a Corigliano si trovò ad essere conteso tra il Vescovo ed i Padri Minimi dell'Ordine di San Francesco. Proprio durante il periodo della contesa, Corigliano subì una devastante invasione di cavallette che distrusse tutti i raccolti e cessò solo quando la contesa fu risolta.

Un altro grosso pericolo il paese di Corigliano lo provò quando venne invaso da una numerosa flotta di Ottomani. I turchi salirono fino al paese e cercarono di assalire anche la chiesa ed il convento. Tutti i fraticelli fuggirono via, ma un vecchio frate, data la sua età, rimase nel convento ad aspettare i nemici invasori. Allora gli apparve San Francesco, il quale lo tranquillizzò e lo aiutò a puntellare la porta del convento con una canna: i turchi non riuscirono a sfondare la porta.  Quel pezzo di canna ancora oggi viene gelosamente custodito e venerato da tutti i coriglianesi, che ha proclamato San Francesco Patrono di Corigliano. La statua del Santo, un busto di legno dipinto, che è custodita nella sacrestia del Santuario di Corigliano, porta in mano la custodia in argento che custodisce il pezzo di canna.

A Corigliano, come negli altri luoghi che aveva già visitato, San Francesco operò molti miracoli e salvava molte anime. Durante la costruzione del convento, c'era necessità di acqua potabile, così San Francesco andò verso la montagna fino alla sorgente; allora chiese all'acqua di seguirlo e mentre tracciava un piccolo solco con il suo bastone, l'acqua scendeva fino ad arrivare al convento. Successivamente, fu lo stesso San Francesco a decidere di portare l'acqua alla collina del Castello ducale, iniziando a costruire un grande acquedotto ad archi che attraversava la vallata e che ancora oggi si ammira a Corigliano. Così come, ancora oggi la piazza dove furono istallate alcune fontane d'acqua viene chiamata dai coriglianesi "Acquanova". Nel 1460 il Santo lasciò Corigliano e ritornò a Spezzano, poi partì per Crotone, dove andò a costruire un altro convento.